Zaradi svoje edinstvene pikantnosti je čili paprika ključni del številnih kuhinj po vsem svetu, zlasti v kitajski (zlasti v sečuanski hrani), mehiški, tajski, indijski in številnih drugih južnoameriških in vzhodnoazijskih kuhinjah.
Stroki čilija so botanično jagode. Če jih uporabljamo sveže, jih najpogosteje pripravljamo in uživamo kot zelenjavo. Cele stroke lahko posušite in nato zdrobite ali zmeljete v čili v prahu, ki se uporablja kot začimba ali začimba.

Čilije lahko posušite, da jim podaljšate rok trajanja. Čili papriko lahko konzerviramo tudi s slanico, potopitvijo strokov v olje ali vlaganjem.
Veliko svežih čilijev, kot je poblano, ima trdo zunanjo lupino, ki se med kuhanjem ne pokvari. Čilije včasih uporabljajo cele ali v velikih rezinah, tako da jih popečejo ali kako drugače naredijo mehurje ali zoglenijo kožo, da se meso pod njimi ne skuha povsem. Ko se ohlajajo, lupine običajno zlahka zdrsnejo.
Sveži ali posušeni čiliji se pogosto uporabljajo za pripravo pekoče omake, tekoče začimbe – običajno ustekleničene, ko je na voljo v prodaji – ki doda začimbo drugim jedem. Pekoče omake najdemo v številnih kuhinjah, vključno s harisso iz Severne Afrike, čilijevim oljem s Kitajske (znano kot rāyu na Japonskem) in sriracho s Tajske. Posušeni čiliji se uporabljajo tudi za vlivanje jedilnega olja.
Naš čili poper brez naravnih in pesticidov z NIČ dodatkov je zdaj vroče prodajan v državah in okrožjih, ki ga radi uporabljajo pri kuhanju. Na voljo so certifikati BRC, ISO, HACCP, HALAL in KOSHER.