Aufgrund ihrer einzigartigen Schärfe sind Chilischoten ein wichtiger Bestandteil vieler Küchen auf der ganzen Welt, insbesondere in der chinesischen (insbesondere in der Sichuan-Küche), der mexikanischen, thailändischen, indischen und vielen anderen südamerikanischen und ostasiatischen Küchen.
Chilischoten sind botanisch gesehen Beeren. Wenn sie frisch verwendet werden, werden sie meist wie ein Gemüse zubereitet und gegessen. Ganze Schoten können getrocknet und dann zerkleinert oder zu Chilipulver gemahlen werden, das als Gewürz oder Würzmittel verwendet wird.

Chilis können getrocknet werden, um ihre Haltbarkeit zu verlängern. Chilischoten können auch durch Salzen, Einlegen der Schoten in Öl oder Einlegen konserviert werden.
Viele frische Chilis wie Poblano haben eine robuste Außenhaut, die beim Kochen nicht zerfällt. Chilis werden manchmal im Ganzen oder in großen Scheiben verwendet, indem man sie röstet oder auf andere Weise Blasen bildet oder die Schale verkohlt, damit das Fleisch darunter nicht vollständig gar wird. Beim Abkühlen lassen sich die Schalen normalerweise leicht ablösen.
Frische oder getrocknete Chilis werden oft zur Herstellung von scharfer Soße verwendet, einem flüssigen Gewürz – das normalerweise in Flaschen abgefüllt wird, wenn es im Handel erhältlich ist –, das anderen Gerichten Würze verleiht. Scharfe Soßen kommen in vielen Küchen vor, darunter Harissa aus Nordafrika, Chiliöl aus China (in Japan Rāyu genannt) und Sriracha aus Thailand. Getrocknete Chilis werden auch zum Aufgießen von Speiseöl verwendet.
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