Λόγω της μοναδικής τους πικάντικης γεύσης, οι πιπεριές τσίλι αποτελούν κρίσιμο μέρος πολλών κουζινών σε όλο τον κόσμο, ιδιαίτερα στην κινεζική (ειδικά στα φαγητά της Σετσουάν), τη μεξικάνικη, ταϊλανδέζικη, ινδική και πολλές άλλες κουζίνες της Νότιας Αμερικής και της Ανατολικής Ασίας.
Οι λοβοί της πιπεριάς τσίλι είναι βοτανικά μούρα. Όταν χρησιμοποιούνται φρέσκα, τις περισσότερες φορές παρασκευάζονται και τρώγονται σαν λαχανικό. Ολόκληροι λοβοί μπορούν να αποξηρανθούν και στη συνέχεια να θρυμματιστούν ή να αλεσθούν σε σκόνη τσίλι που χρησιμοποιείται ως μπαχαρικό ή καρύκευμα.

Τα τσίλι μπορούν να αποξηρανθούν για να παραταθεί η διάρκεια ζωής τους. Οι πιπεριές τσίλι μπορούν επίσης να διατηρηθούν με αλάτι, βυθίζοντας τους λοβούς σε λάδι ή με τουρσί.
Πολλά φρέσκα τσίλι όπως το poblano έχουν σκληρή εξωτερική φλούδα που δεν διασπάται στο μαγείρεμα. Τα τσίλι χρησιμοποιούνται μερικές φορές ολόκληρα ή σε μεγάλες φέτες, με ψήσιμο ή άλλα μέσα για να σχηματίσουν φουσκάλες ή να απανθρακώσουν το δέρμα, ώστε να μην ψηθεί εντελώς η σάρκα από κάτω. Όταν κρυώσουν, οι φλούδες συνήθως ξεγλιστρούν εύκολα.
Τα φρέσκα ή αποξηραμένα τσίλι χρησιμοποιούνται συχνά για την παρασκευή καυτερής σάλτσας, ένα υγρό καρύκευμα -συνήθως εμφιαλωμένο όταν είναι διαθέσιμο στο εμπόριο- που προσθέτει μπαχαρικά σε άλλα πιάτα. Οι καυτερές σάλτσες βρίσκονται σε πολλές κουζίνες, όπως η χαρίσα από τη Βόρεια Αφρική, το λάδι τσίλι από την Κίνα (γνωστό ως rāyu στην Ιαπωνία) και το sriracha από την Ταϊλάνδη. Τα αποξηραμένα τσίλι χρησιμοποιούνται επίσης για την έγχυση μαγειρικού λαδιού.
Η πιπεριά μας τσίλι χωρίς φυσικά και φυτοφάρμακα με ΜΗΔΕΝΟ πρόσθετο πωλείται τώρα στις χώρες και τις περιοχές που τους αρέσει να τη χρησιμοποιούν κατά το μαγείρεμα. Διατίθενται πιστοποιητικά BRC, ISO, HACCP, HALAL και KOSHER.