בשל חריפותם הייחודית, פלפלי צ'ילי מהווים חלק מכריע ממטבחים רבים ברחבי העולם, במיוחד במטבח סיני (במיוחד באוכל סצ'ואני), מקסיקני, תאילנדי, הודי ועוד רבים אחרים מהמטבחים של דרום אמריקה ומזרח אסיה.
תרמילי פלפל צ'ילי הם פירות יער מבחינה בוטנית. בשימוש טרי, הם מוכנים לרוב ואוכלים כמו ירק. ניתן לייבש תרמילים שלמים ולאחר מכן לכתוש או לטחון לאבקת צ'ילי המשמשת כתבלין או תיבול.

ניתן לייבש צ'ילי כדי להאריך את חיי המדף שלהם. ניתן לשמר פלפל צ'ילי גם במלח, טבילת התרמילים בשמן או בכבישה.
לצ'ילי טריים רבים כמו פובלנו יש קליפה חיצונית קשיחה שאינה מתפרקת בבישול. לפעמים משתמשים בצ'ילי בשלמותם או בפרוסות גדולות, על ידי צלייה, או באמצעים אחרים של שלפוחיות או חריכה של העור, כדי לא לבשל לגמרי את הבשר מתחת. לאחר התקררות, הקליפות בדרך כלל יחליקו בקלות.
צ'ילי טרי או מיובש משמש לעתים קרובות להכנת רוטב חריף, תבלין נוזלי - בדרך כלל בבקבוק כאשר זמין מסחרית - שמוסיף תבלינים למנות אחרות. רטבים חמים נמצאים במטבחים רבים, כולל חריסה מצפון אפריקה, שמן צ'ילי מסין (המכונה rayu ביפן), וסרירצ'ה מתאילנד. צ'ילי מיובש משמש גם להחדרת שמן בישול.
פלפל צ'ילי נטול חומרי הדברה טבעי עם תוסף אפס נמכר כעת בחום למדינות ולמחוזות שאוהבים להשתמש בו בעת בישול. תעודות BRC, ISO, HACCP, HALAL ו-KOSHER זמינות.