Devido à sua pungência única, a pimenta malagueta constitui uma parte crucial de muitas cozinhas ao redor do mundo, particularmente na culinária chinesa (especialmente na comida sichuanesa), mexicana, tailandesa, indiana e muitas outras cozinhas da América do Sul e do Leste Asiático.
As vagens de pimenta são botanicamente bagas. Quando usados frescos, são geralmente preparados e consumidos como vegetais. Vagens inteiras podem ser secas e depois esmagadas ou moídas em pimenta em pó, que é usada como tempero ou tempero.

Os pimentões podem ser secos para prolongar sua vida útil. A pimenta malagueta também pode ser conservada em salmoura, mergulhando as vagens em óleo ou em conserva.
Muitas pimentas frescas, como o poblano, têm uma casca externa dura que não se quebra durante o cozimento. As pimentas às vezes são usadas inteiras ou em fatias grandes, assadas ou outros meios de formar bolhas ou carbonizar a pele, para não cozinhar totalmente a polpa por baixo. Quando resfriadas, as películas geralmente escorregam facilmente.
Pimentões frescos ou secos são frequentemente usados para fazer molho picante, um condimento líquido – geralmente engarrafado quando disponível comercialmente – que adiciona tempero a outros pratos. Molhos picantes são encontrados em muitas cozinhas, incluindo harissa do Norte da África, óleo de pimenta da China (conhecido como rāyu no Japão) e sriracha da Tailândia. Pimentões secos também são usados para infundir óleo de cozinha.
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